Windows Programme Verzeichniss komplett gelöscht

Bei einem unserer Kunden wurde das komplette Verzeichnis C:\Programme des Windows 2000 Servers "geleert" - wohlgemerkt im laufenden Betrieb. Unter anderem Befand sich ein MSSQL Server in dem Verzeichnis. Wie kann so etwas funktionieren?

Zu den Umständen - laut Systemprotokoll hat der WIndows Dateischutz die grundlegenden Systemdateien wiederhergestellt, aber der Großteil des Ordners ist leer - trotz Zugriffschutz.
Kennt jemand eine Möglichkeit sowas durchzuführen? Der Versuch auf einem anderen Rechner mit "einfachen" Windows Bordmitteln den Ordner zu löschen schlägt erwartungsgemäß fehl, da natürlich div. Dateien in Benutzung sind....
Die einzige Möglichkeit, die ich sehe, ist, dass sich jemand extern eingehackt hat. Andernfalls hätte das System zumindest in unmittelbarem zeitlichen Abstand neu booten müssen - was ebenfalls nicht erfolgt ist..