Ubuntu Storage-Server bootet nach Update nicht mehr - Grub hat GPT vergessen?

Hallo,

ich habe hier einen Storage-Server der in einer KVM-Umgebung bei einem Internetanbieter läuft.
Installiert ist Ubuntu Server 16.04 LTS. Auf diesen Server laden andere Server verschlüsselte Backups mit SSH hoch.
Der Server hat nur 1 große 10TB Partition. Dazu die 10MB Fake BIOS_GRUB Partition und 4GB SWAP.

Auf diesem Server habe ich gestern Updates mit apt-get update und upgrade installiert und neu gestartet.

Beim Booten kommt zuerst
Fehler Versuch ausserhalb der festplatte hd0 zu lesen oder zu schreiben
Später dann einer Kernal panic
unable to mount root fs on unknown block 0,0

Auch wenn ich ältere Kernel boote kommen die gleichen Meldungen.

Wenn ich die "Bash" von Grub gehe kannn er das Dateisystem der Partitionen nicht erkennen
ls (hd0,1)
ls (hd0,2)
ls (hd0,3)
Jeweils kommt nur
kein bekanntes dateisystem erkannt

Aber
Wenn ich von CD boote, dann kann ich die Partitionen sehen und mounten.
Auch kann ich auf alles zugreifen.

Ich fasse zusammen
1) Grub bootet normal
2) Grubs shell sieht nur unbekannte Dateisysteme
3) Ein Rettungssystem kann normal auf die Festplatte zugreifen

Das sieht für mich so aus, als ob Grub bei einem Update vergessen hat, dass die Festplatte GPT und nicht MFT hat.

Ich habe nun die Daten runterkopiert und könnte den Server einfach neu installieren.
Aber wer sagt mir, dass sowas nicht wieder passiert?

Hat Jemand einen Tipp für mich?

Danke und viele Grüße

Stefan