Fehlerhaftes Zusammenspiel PHP und MySQL

Hallo,
wir haben eine PHP-basierende Webanwendung laufen die leider in unregelmäßigen Abständen immer den gleichen Fehler produziert. Dieser Fehler taucht sowohl auf einem Apache als auch auf dem IIS auf. Vermutlich gibt es ein Problem bei der Zusammenarbeit von PHP mit MySQL basierend auf nicht passenden Einstellungen.
Diese Vermutung wird dadurch gestützt, dass die Datenbank sich von anderen Servern problemlos ansprechen lässt, nur lokal gibt es das Problem. Nun zum Problem an sich.
Es handelt sich um eine Datenbank mit der Kundendaten und deren Anfragen gehändelt werden. Ohne erkennbare Regel wird der Ladeprozess beim öffnen eines neuen Kunden nicht abgeschlossen. Wenn dann der Browser geschlossen und neu gestartet wird geht es einmal, beim zweiten Mal schon wieder nicht. Wenn wir dann den Application-Pool auf dem Server oder die Website stoppen und neu starten funktioniert wieder alles wie gewohnt.

Für Tipps danke ich bereits im Voraus. Wenn ich präzisieren soll, dann einfach fragen.