Text ersetzen an spezifischer Position in Zeile einer Datei
Ich benötige euer Schwarmwissen.
Ausgangslage ist eine Textdatei mit Inhalt wie:
Es handelt sich hierbei, wie man sich fast denken kann um Baseninformationen. Nun möchte ich die Informationen aus $3 (Trennzeichen ,) pro Zeile ersetzen. Die Basen müssen hierbei reverse komplementär zusammen gebaut werden.
Ich dachte da an so etwas:
Das funktioniert grundsätlich auch aber mir ist nicht ganz klar, wie ich das sinnvoll mit 'sed und awk umsetzen kann.
Ausgangslage ist eine Textdatei mit Inhalt wie:
FOO,GAAGTTGG,CGAACAAC,AN
FOO,GAAGTTGG,CGAACAAC,AN
FOO,GAAGTTGG,CGAACAAC,AN
Es handelt sich hierbei, wie man sich fast denken kann um Baseninformationen. Nun möchte ich die Informationen aus $3 (Trennzeichen ,) pro Zeile ersetzen. Die Basen müssen hierbei reverse komplementär zusammen gebaut werden.
Ich dachte da an so etwas:
tr ACGT TGCA | rev
Das funktioniert grundsätlich auch aber mir ist nicht ganz klar, wie ich das sinnvoll mit 'sed und awk umsetzen kann.
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Content-ID: 7724060540
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Ausgedruckt am: 24.12.2024 um 03:12 Uhr
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awk -F',' '
function revcomp(arg) {
o = ""
for(i = length(arg); i > 0; i--)
o = o c[substr(arg, i, 1)]
return(o)
}
BEGIN {c["A"] = "T"; c["C"] = "G"; c["G"] = "C"; c["T"] = "A" ; OFS=","}
{print $1,$2,revcomp($3),$4}
' test.txt >datei_neu.txt