Seit Installation von Java 8 U11 Probleme mit dem öffnen von Internetseiten

Zu erst einmal Halli Hallo =) ...

Problem in Kürze:
Nach der Installation von Java 8U11 kommen die Benutzer unseres Netzwerkes nicht mehr auf diverse Internetseiten (zB Trassenauskunft von der Telekom).
Es erfolgt die Abfrage des Browsers, ob Java aktiviert werden soll. Egal, ob man dies zu lässt oder nicht kommt entweder die Fehlermeldung "Seite konnte nicht aufgerufen/gefunden werden" oder von der jeweiligen Seite als Rückmeldung, dass man nicht authentifiziert werden konnte.
In unregelmäßigen Abständen kann das Problem behoben werden, wenn der Browser als Admin gestartet wird. Jedoch klappt das auch nicht immer und die User sollten auch nicht jedes mal den Admin rufen, wenn se bestimmte Seiten aufrufen wolln.

In Langform:
Ich stehe als "Möchte-Gern-Admin" eines kleinen Unternehmens seit einiger Zeit vor einem für mich unlösbaren Problem.
Es sieht so aus, dass ich angehalten bin neue Updates auf unseren PCs zu verteilen (was ja auch durch aus richtig ist!).
Das ganze geschieht über selbst gebastelte Scripte (bat), die mittels der Gruppenrichtlinienverwaltung beim Herunterfahren gestartet werden (keine Ahnung, evtl. ist diese Information für mein Prob wichtig).
Im speziellen Fall von Java schaut das ganze so aus:

@ echo off
if exist "%Allusersprofile%\Kontrolldateien\Java180_11.txt" goto end
if exist "%ProgramFiles(x86)%\Java" msiexec /qn /x \\server3\Install\Java\jre1.8.0_05\jre1.8.0_05.msi
if exist "%ProgramFiles%\Java" msiexec /qn /x \\server3\Install\Java\jre1.8.0_05_x64\jre1.8.0_05.msi
msiexec /qn /i \\server3\Install\Java\jre1.8.0_11\jre1.8.0_11.msi
msiexec /qn /i \\server3\Install\Java\jre1.8.0_11_x64\jre1.8.0_11.msi
cd "%Allusersprofile%\"
xcopy \\server3\install\Kontrolldateien\Java180_11.txt .\Kontrolldateien\ /h /e /c /y
:end

Die Kontrolldatei bewirkt halt, dass, sobald das Update einmal gelaufen ist, es sich nicht bei jedem Herunterfahren neu aufspielt.

Nach der Installation von Java8U11, wie oben schon beschrieben, können ALLE PCs in unserem Netzwerk nicht mehr auf bestimmte Seiten zugreifen.
Um genau zu sein handelt es sich einmal um die Trassenauskunft der Telekom, diese Seite fragt noch expliziert, ob Java aktiviert werden darf und um die Verwaltung von DATEV.
Unabhängig davon, ob man FireFox oder IE Java erlaubt oder nicht, kommt die Fehlermeldung, dass wir nicht authentifiziert werden konnten. Ein Anruf hat ergeben, dass unser Profil jedoch aktiv ist und die Herrschaften von der Telekom konnten sich auch mit unseren Daten anmelden.
DATEV jedoch fragt noch nicht mal, ob Java aktiviert werden soll oder nicht, die Seite spuckt einfach ein "Seite konnte nicht gefunden werden, überprüfen Sie, ob die Adresse stimmt" aus (an der Stelle: starte ich den IE als Admin klappt die Seite in 1 von 5 Fällen (weiter: Die Seite geht NUR über IE, sonst nutzen wir FireFox)).

Ich habe bereits auf einzellnen PCs Java von Hand als Admin installiert, hat nichts gebracht.
Auch die Installation der Vorgängerversion hat nichts bewirkt ...

Ich bin mir auch nicht sicher, ob es wirklich an der Installation von Java liegt, jedoch treten die Probleme (gefühlt) erst ab diesem Zeitpunkt auf.

Hat irgendwer von Euch ne Idee, was ich falsch gemacht haben könnte und noch viel wichtiger, wie ich das Ganze wieder ins Lot bringen kann.

Weiterhin einen schönen Tag