Tarantella und Terminalserver - Probleme beim Programm-Update

Wenn ich am TS ein Programmupdate im Anwendungsmodus einspiele (dh die exe-Datei ersetze), habe ich danach Probleme beim Starten des Programms als Terminalserver-Benutzer, dh das Programm wird über das Startscript nicht gestartet. Starte ich das Programm zu einem späteren Zeitpunkt (zB am nächsten Tag), treten keine Probleme mehr auf.

Habe unser selbst programmiertes Programm auf dem Terminalserver installiert und der Start über ein Startscript läuft problemlos.
Die Terminalserver-Benutzer befinden sich alle in einer Domäne mit Gruppenrichtlinien-Objekten. Auch das Startscript wurde in diesen Gruppenrichtlinien-Objekt erstellt.

Beim Einspielen eines Programm-Updates am Terminalserver im Anwendungsmodus treten Probleme mit dem Startscript auf.

Nun möchte ich wissen, wie ein Terminalserver 2000 arbeitet?
Wird vor dem Programm-Start die exe-Datei ins Userverzeichnis kopiert und von dort ausgeführ? Wenn ja, wird die exe bei jedem Programmstart neu ins Userverzeichis kopiert oder nur dann, wenn das System eine neuere Version findet?

Wenn ich meine alte Exe im Installations-Modus mit der neuen exe-Datei ersetze, kommt es nach bisherigen Tests zu keinen Problemen.
Wenn ich das Ganze jedoch im Anwendungsmodus mache, kommt es zu den oben beschriebenen Problemen. Und ich möchte wissen, wieso das so ist?

System:
- Suse Linux mit Tarantella (bzw Sun Secure Global Desktop) V 4.2
- Windows Server 2000 Terminalserver
- Windows Server 2003 Domaincontroller

lg herb