Software unter verschiedenen Usern mehrfach starten

Ausgangssituation:
Wir sind eine Klinik und haben Medizingeräte unterschiedlicher Hersteller, die aber alle das Gleiche am Patienten tun.
Um diese Geräte zu justieren und die aufgezeichneten Daten vom Gerät auf einen PC zu exportieren gibt es Software für Windows. In dieser Software kann man dann immer auch die importierten Daten betrachten, auswerten und befunden.

Nun ist es so, dass wir auf Grund der Vielzahl an Herstellern, welche wiederum alle eine Vielzahl an Gerätemodellen und zugehöriger Software haben, nicht diese Menge an Software auf wiederum jedem PC aller Ärzte installieren wollen.
Es ist also eine klassische n zu n Beziehung, welche auf Dauer für zwei ITler nicht mehr administrierbar ist.
Jetzt haben wir ein "Windows 2008 R2 Server" aufgesetzt und dort die Software aller Hersteller installiert und wollen, das jeder Arzt via Remotedesktop auf diesem Server die Software benutzt.
Die Workflows stehen fest und würden auch funktionieren, wenn wir nicht ein kleines aber gravierendes Problem hätten.

Zwei der o.g. Programme können nicht von unterschiedlichen Usern (und vom gleichen User natürlich erst recht nicht) gleichzeitig gestartet werden. Bei allen anderen Programmen funktioniert das aber.
Es kommt keine Fehlermeldung, die Programme starten nur einfach nicht. Im Taskmanager ist nur der Prozess des Users der das Programm zuerst ausgeführt hat zu sehen.
Das Verhalten ist sowohl wenn man lokal zwei User (Administratoren) anmeldet und den Benutzer wechselt um das Programm ein zweites mal zu starten, als auch wenn man sich mit diesen beiden Usern remote anmeldet, das Gleiche.
Im Log der einen Anwendung steht als letztes folgendes:

"ERROR WMsupport 368 1 clsController.Initialize Exception: Terminating: another instance running., bei Mcc.Support.SupportController.clsSupportController..ctor(clsSOMNOLAB_SESSION objSession, clsWM_MCC_REGISTRY objRegistry)
bei Mcc.Support.clsController.Initialize(String sArguments):Terminating: another instance running. [5]"


Nun zu meiner Frage.
Da dieses Verhalten softwarespezifisch zu sein scheint, also scheinbar Systemfunktionen benutzt werden, welche ein doppeltes Ausführen verhindern sollen, würde ich gern wissen, ob man das irgendwie verhindern kann?
Ich dachte mir, dass bspw. die Software so läuft als wäre sie zwei mal installiert, oder in einer bzw. zwei Sandboxen oder irgend etwas? VMs hatte ich auch schon überlegt, aber dann wird der Remotezugriff wahrscheinlich wieder zu kompliziert, da ja kein Arzt wüsste welche VM gerade nicht benutzt wird.

Hat jemand eine Idee?

Herzlichen Dank.

Hans